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Le séquençage de l’ADN des patients dépistés par un coronavirus pourrait sauver des vies

Les scientifiques devraient commencer à séquencer les génomes des patients atteints de coronavirus. Nous devons rechercher les différences d’ADN entre les patients gravement atteints et ceux présentant des symptômes bénins. Cela pourrait nous permettre de prédire qui d’autre serait vulnérable et leur conseiller de prendre des précautions. Nous pourrons peut-être utiliser ces connaissances contre l’épidémie de coronavirus avant qu’un vaccin ne soit largement disponible.

En particulier, il serait utile de savoir si les variations clés de l’ADN sont partagées par ces rares personnes qui sont jeunes et semblent être en bonne santé mais qui ont développé des symptômes graves du coronavirus. Nous pourrions alors être en mesure de prédire quels médecins et infirmières sont les plus à risque et de les retirer de la ligne de front.

Bien sûr, nous ne savons pas encore si des prévisions précises seront possibles. Nous ne savons même pas si les risques de symptômes graves du coronavirus sont affectés par leurs gènes. Nous pourrions cependant répondre à ces questions de manière relativement bon marché et rapide en utilisant la technologie courante de séquençage de l’ADN.

Il faudrait séquencer tous les génomes des victimes de coronavirus qui ont besoin de soins intensifs et les comparer avec les génomes de personnes qui ne présentent que des symptômes bénins. Avec seulement quelques milliers de génomes de chaque catégorie, nous pourrions rapidement savoir s’il y a un kilométrage dans cette approche.

Il se peut que seulement un ou deux gènes soient impliqués. Peut-être des gènes brisés impliqués dans le système immunitaire ou les surfaces des cellules pulmonaires. Si c’est le cas, nous pourrions rapidement les découvrir en utilisant une méthode appelée étude d’association à l’échelle du génome. Si seulement quelques gènes brisés font toute la différence, un test génétique de sensibilité au coronavirus pourrait être simple à réaliser, bon marché et précis.

Il se peut que des milliers de gènes soient impliqués. Peut-être un mélange complexe de gènes impliqués dans la physiologie pulmonaire, la forme des voies respiratoires supérieures et bien d’autres choses auxquelles nous n’avons jamais pensé. Si tel est le cas, déterminer exactement ce qui se passe pourrait prendre des décennies. Mais nous avons besoin de réponses en quelques semaines ou mois.

Inspiré par les arbres

Ici, nous pouvons puiser dans une source d’inspiration inattendue: nous pouvons utiliser une méthode appelée «prédiction génomique», qui a été utilisée avec succès pendant des décennies par les sélectionneurs de plantes et d’animaux mais est rarement utilisée en médecine. Il permet de prédire des traits complexes à partir de séquences du génome entier, même lorsque nous ne comprenons pas ce que font les gènes.

Avec cette approche, nous n’avons pas besoin de passer plusieurs années à déterminer ce qui se passe exactement. Nous pouvons construire un score à partir de la séquence du génome entier d’une personne qui prédit sa sensibilité. Ces scores pourraient être obtenus au prix de (nous estimons) seulement quelques centaines de livres par personne.

L’an dernier, nous avons adopté une approche de prévision génomique pour les frênes, qui meurent d’une épidémie fongique. En comparant les génomes d’arbres sains et mourants, nous avons découvert plus de 3000 points dans leurs génomes qui contribuent à la sensibilité. Certains d’entre eux étaient dans des gènes qui avaient des fonctions connues dans les défenses de l’hôte, mais pour beaucoup d’autres, nous n’avions aucune idée de ce qu’ils faisaient. Pourtant, nous n’avions pas besoin de ces connaissances pour prédire la sensibilité d’autres frênes avec un niveau de précision utile.

Nous devrions faire des études similaires sur les humains et les coronavirus. Bien sûr, il y aurait des problèmes de confidentialité et de consentement plus complexes que ceux que nous avions à régler pour les frênes. Mais des dizaines de milliers de génomes humains ont déjà été séquencés dans le monde, de sorte que les questions relatives au consentement ont été bien explorées. Pour certains patients atteints de coronavirus, leur génome sera déjà dans une base de données.

Champignon dépérissement des cendres - Le séquençage de l'ADN des patients dépistés par un coronavirus pourrait sauver des vies
Champignon dépérissement des cendres (Hymenoscyphus fraxineus) sur le frêne européen. IanRedding/Shutterstock

Devrions-nous trouver que nous pouvons faire des prédictions précises, les défis moraux et psychologiques seraient graves? Où les tests devraient-ils être déployés? Est-ce que les gens réagiront de manière appropriée s’ils sont à risque (ou non)? Comment cela affecterait-il l’assurance maladie? Mais des défis difficiles se posent dans chaque décision que nous devons prendre dans notre lutte contre le virus.

La recherche sur la base génétique de la sensibilité au coronavirus pourrait se faire rapidement et sans détourner les ressources de la recherche sur les traitements et les vaccins. Cela pourrait montrer que les prédictions sont impossibles. Cela pourrait montrer qu’une prédiction précise peut être faite. Nous ne savons pas. Mais nous devons le découvrir. S’il fonctionnait, il pourrait protéger des milliers de vies avant qu’un vaccin ne soit largement disponible.

Cet article est republié de The Conversation par Richard Buggs, professeur de génomique évolutionnaire, Université Queen Mary de Londres et Richard Alan Nichols, professeur de génétique, Université Queen Mary de Londres sous une licence Creative Commons. Lisez l’article original.

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